Zusammenfassung von SCOP und CATH zur Evaluation von Fold-Klassifikation-Verfahren

Die Vorhersage der Faltungsklasse eines Proteins basierend auf der Aminosäure-Sequenz (fold recognition) kann man als Klassifikationsproblem auffassen. Verschiedene Ansätze hierzu werden auf unterschiedlichen Datensätzen evaluiert. Dabei differieren die Faltungsklassen-Hierarchien SCOP und CATH oftmals deutlich. Die Spezialisierung auf das Klassensystem von SCOP zieht daher oft ein schlechteres Abschneiden auf dem Klassen-System von CATH nach sich (und umgekehrt).

Basierend auf einem großen Protein-Datensatz sollen die Unterschiede in den Klassensystemen von SCOP und CATH genauer analysiert werden. In einem zweiten Schritt soll ein (aktualisierbarer) Konsens-Datensatz für gegebene Versionen von SCOP und CATH bereitgestellt werden.