Lehr- und Forschungseinheit für Datenbanksysteme Datenbanksysteme Database Systems

Projektarbeit

"Mapping Genes To Annotations"

Inhalt

Das Ziel der Projektarbeit war eine einfache Evaluierung des Clusterings von Microarraydaten zu ermöglichen. Gene Ontology Annotationen stellen die dafür benötigten Klassenlabels bereit. Mit Hilfe dieser Annotationen kann man dann die für die gegebenen Daten geeignete Clustering Methode auswählen oder neue Clustering Methoden evaluieren. Diese Projektarbeit stellt ein Mapping Tool bereit, um die Gene auf ihre GO Annotationen zu mappen.

Aufgabenstellung

Ein Web-Tool musste zur Verfügung gestellt werden, um Gennamen auf die GO Annotationen zu mappen. Die Gennamen können entweder aus einem externen File stammen oder aus einem GEO Dataset.

Tools

Gene Expression Omnibus (GEO): eine Datenbank mit öffentlich verfügbaren Genexpressionsdatensätzen.
Gene Ontology (GO): ein Klassensystem für Gene und ihre Produkte.

Personen

Bearbeiter Maria Hauser
Betreuer Peer Kröger, Arthur Zimek

Ergebnis

Das Webinterface des GO Mapping Tools, die Javadoc Dokumentation.


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Last Modified: 2003-Apr-29